分子微生物學實驗室所接觸的有害微生物，通常將微生物實驗室劃分成清潔區、半污染區、污染區。在污染區應使用生物安全柜，以保護工作人員的健康。現代微生物學實驗室還必須具備有空氣調節和過濾的設備。
微生物實驗室一般由準備室、微生物培養室、器械消毒及清洗室、純水室、檢測室、菌種室、儲藏室等空間組成。不同行業性質的微生物實驗室不同，對應的實驗室設計規劃裝修建設方案也就不同。
1.需要為實驗室安全運行、清潔和維護提供足夠的空間；
2.實驗室墻壁、天花板和地板應當光滑、易清潔、防滲漏并耐化學品和消毒劑的腐蝕，地板應當防滑；3.臺面應是防水的，并可耐消毒劑、酸、堿、有機溶劑和中等熱度的作用；
4.應保證實驗室內所有活動的照明，避免不必要的反光和閃光；
5.實驗室器具應當堅固耐用，在實驗臺、柜和其它設備之間及其下面要保證有足夠的空間以便進行清潔。
6.應當有足夠的儲存空間來擺放隨時使用的物品，在實驗室的工作區外還應當提供另外的可長期使用的儲存間。
7.應當為安全操作以及儲存镕劑、壓縮氣體和液化氣提供足夠的空間和設施。
8.實驗室的門應有可視窗，并達到適當的防火等級，盡量可以自動關閉
9.防護系統應當包括消防、應急供電、應急淋浴以及洗眼設施。
10.有可靠和充足的電力供應和應急照明，以保證人員安全離開實驗室。
11.設備的設計、建造與安裝應便于操作、易于維護、清潔、清理污染和進行質量檢驗，盡量避免使用玻璃以及其它易碎的物品。
