疾控中心實驗室不僅要求防止環境因素對實驗室的污染和實驗之間的交叉污染，同時還要防止實驗過程中所使用的生物危害和潛在生物危害向周圍環境釋放造成污染。

為了合理組織人流、物流、避免交叉污染，實驗室平面布局應滿足實驗區與非實驗區相互隔離；人員經更衣室更衣后進出實驗區；物品，特別是大型儀器設備經垂直通道到達樓層后可直接進出實驗區。

疾控中心實驗室廢氣系統

實驗時會產生一些有害氣體，這些廢氣直接排放到大氣中，會對人類和環境造成很大的污染。在設計時要明確要求設計方進行廢氣處理設計，以便預設風管，廢氣通過風管引入噴淋塔進行處理，廢氣凈化噴淋塔置于樓頂天面上，風機與循環加壓水泵聯動，以便建成的實驗室廢氣排放符合環境保護的相關要求。

疾控中心實驗室固體廢物系統

固體廢料的處理方法有：蒸汽滅菌方法、氣體熏蒸方法、液體浸泡方法、輻射滅菌方法、焚燒處理方法等。

疾控中心實驗室廢水系統

實驗廢水排水系統，按所排除的污水性質、成分和被污染的程度并結合室外排水系統的情況，可設置分流排水或合流排水系統：  

對于含有一般致病微生物的實驗廢水，宜設置專用排水管道，以便污水消毒。對于含有放射性物質的實驗廢水，在小型實驗室，當廢水量較小，放射性物質濃度不大時，可合成一個排水系統。  

對于排出的廢水量較小，但濃度高時，可采用特制的專用容器就地進行收集后，送往集中廢水貯存槽，然后送往外協廢水處理廠。  

在大型實驗室，應根據排出的廢水中放射性物質濃度和化學性質等，可設置一個或幾個排水系統分流排出，需要處理的廢水排至廢水集中處理設施或外協的公共廢水處理廠進行處理。  

對于混合后更為有害的實驗廢水，當不同化學成分的廢水混合后的反應對管道有損害或可能造成事故時應分流排出。

對于毒理實驗室，為了能夠順暢地排除實驗動物房糞便，需要設置較一般下水大直徑的排水管道，因此，宜單獨安裝專用的排水系統。  

對于含有機溶劑的實驗廢水，由于有機溶劑往往不溶于水，它們不但有毒有害，而且多有強烈的異味，會隨排水支管道進入其他實驗室的水封而散發至室內。因此，經常使用有機溶劑的實驗室，應盡量集中布置，并單獨安裝專用的排水管道。  

實驗廢水常含有酸、堿、氰、鉻等無機污染物，對于這些實驗廢水，有條件的也宜考慮設置獨立的排水管道，對于三級以上生物安全實驗室的廢水，設置獨立的排水系統。